Nhiều quốc gia có những quốc kỳ đặc biệt để sử dụng trên biển gọi là cờ hiệu quốc gia. Cũng như vậy, có ba loại khác nhau: cờ hiệu dân sự (), được treo trên các tàu tư nhân; cờ hiệu chính quyền (còn được gọi là cờ hiệu chính phủ ), được treo trên tàu thủy của chính quyền; và cờ hiệu chiến tranh (còn được gọi là cờ hiệu hải quân ), được treo trên tàu hải quân. Cờ hiệu được treo trên 1 cột cờ hiệu nằm ở đuôi tàu, hoặc từ 1 cây lao khi di chuyển. Cả 1 vị trí này phải là điểm cao nhất trên con tàu, ngay cả đỉnh cột buồm cao hơn. Khi không có cột cờ, cờ hiệu có thể được treo trên mũi tàu. Quốc kỳ cũng có thể được treo trên hàng không mẫu hạm và những phương tiện đi lại của những quan chức quan trọng.

Ở một vài quốc gia, như Hoa Kỳ và Pháp, cờ hiệu quốc gia đồng nhất với quốc kỳ, trong khi ở những nước khác, như Anh và Nhật Bản, có những cờ hiệu riêng để sử dụng trong hàng hải. Đa số các quốc gia không có cờ hiệu chính quyền riêng biệt, mặc dù Anh là một ngoại lệ hiếm hoi, cờ hiệu đỏ dùng cho dân sự, cờ hiệu trắng dùng cho hải quân và cờ hiệu xanh dương dùng cho những con tàu phi quân sự của chính quyền.